Một trong những vấn đề ban đầu của mạng SAN Fibre Channel là các thiết bị chuyển mạch và các phần cứng khác từ các hãng khác nhau không hoàn toàn tương thích với nhau. Mặc dù giao thức lưu trữ cơ bàn luôn luôn tuân theo chuẩn, các chức năng cao hơn không tương thích tốt với nhau. Tương tự, một số hệ điều hành sẽ có phản hướng tiêu cực tới các hệ điều hành khác trong cùng một mạng SAN. Nhiều giải pháp được đảy ra thị trường trước khi các chuẩn được ban hành và các hãng cũng có nhiều phát triển cách tân dựa trên chuẩn.

Nỗ lực chung của các thành viên Storage Networking Industry Association (SNIA) đã cải thiện tình hình trong hai năm 2002 và 2003. Ngày nay, hầu hết các thiết bị của các hãng, từ các HBAtới các bộ chuyển mạch và dãy đĩa, hoạt động trơn tru cùng nhau. Tuy nhiên vẫn còn nhiều chức năng cao cấp không hoạt động giữa các phần cứng của các hãng khác nhau.